Belangrijke bronnen over de herbouw van Kasteel Amerongen zijn de bewaard gebleven: ontwerptekeningen, rekeningen en brieven. Godard Adriaan is weer veel in het buitenland en Margaretha correspondeert met hem over de voortgang. Belangrijke beslissingen neemt Godard Adriaan, maar Margaretha heeft feitelijk de leiding over de bouw. Ze beklimt regelmatig de steigers en houdt het tempo erin.
Om kosten te besparen worden vele delen van het oude kasteel hergebruikt. Zo zijn het fundament en een gespaarde toren opgenomen in het nieuwe gebouw. Ook zijn veel stenen opnieuw gebruikt. In de uiterwaarden rondom het kasteel bakken steenovens de resterende 1,6 miljoen stenen. De keurvorst van Brandenburg levert een bijdrage in de vorm van hout.
In 1676 is de herbouw grotendeels voltooid. Het resultaat is een rechthoekig en eenvoudig gebouw. De gevels hebben geen ornamenten, met uitzondering van de entree. Deze sobere uitstraling is kenmerkend voor de bouwstijl van het laatste kwart van de zeventiende eeuw. Het interieur met zijn vele schouwen en plafonds is daarentegen rijk en uitbundig. Hier wordt dan ook nog vele jaren aan gewerkt. Waarschijnlijk wordt in 1685 de plafondschildering in de entreehal als sluitstuk aangebracht. Die bestaat uit het dubbelwapen van Godard Adriaan en Margaretha met daaronder de Latijnse spreuk Quid Reddam Domino … Hoe zal ik het de Heer vergoeden?
